La Fundación Universitaria San Mateo inciso "en cumplimiento del mandato expuesto en la ley 115 de 1994" , ha formulado su proyecto educativo institucional con el propósito de generar la orientación académica y administrativa que permita tener claras las directrices de funcionamiento de las instancias pertenecientes a la Fundación.
El documento se condensa en seis componentes los cuales reúnen cada una de las instancias institucionales para poder orientar el cumplimiento de sus funciones y aportes al desarrollo institucional. Además,la intencionalidad consiste en una articulación junto a la estructura orgánica donde se evidencie que el proyecto educativo institucional se convierte en el referente de organización, indicando claramente los aportes correspondientes a cada una de las instancias que conforman la institución así como la contribución al cumplimiento de su visión y misión.
La formulación y ejecución del Plan de Desarrollo Institucional ha llevado al crecimiento y consolidación de la Fundación Universitaria San Mateo en cumplimiento de los objetivos trazados y en respuesta a la misión y visión institucional como los componentes que definen y trazan el camino a seguir para, a su vez, garantizar la realización del Proyecto Educativo Institucional y las políticas contenidas en este.
El Plan de desarrollo se encuentra estructurado en torno a 12 líneas estratégicas, que a su vez se componen por 19 proyectos que han sido definidos a través de un proceso de construcción colectiva buscando garantizar su pluralidad y a la vez una interdisciplinariedad que fortalezca el alcance de los mismos y el impacto que , a través de su desarrollo y consolidación puedan traer a la institución. Así mismo se enmarcan dentro de la filosofía, valores y principios institucionales y así continuar la consolidación como una institución con compromiso social que trabaja por formar profesionales capaces de impactar positivamente en la sociedad y aportar al desarrollo del país.